Se ha hallado cerámica muy primitiva en la entrada a la Cueva de la Yedra, conocida con el nombre de Cueva del Collado, detrás del Calar del Gallinero, por lo que se deduce que si hasta aquí no llegó el hombre musteriense, si tuvieron que hacer vida no sedentaria, algunas razas del paleolítico. Pero hasta ahora no ha sido comprobado por estar mal estudiado el mapa arqueológico de los Filabres. Al hablar de las minas de cobre las podemos asociar a las explotaciones primitivas de las gentes de la cultura del Argar, pues en la Cueva de la Paloma ya existen restos prehistóricos, que unidos a los estudios del profesor Pellicer y la profesora Acosta, su mujer, en los altos de los cuatro montes de La Cerrá, nos hacen suponer una cultura del paleolítico superior, neolítico y restos de las primitivas colonizaciones.

El valle del Almanzora fue una vía de penetración indiscutible desde el Mediterráneo; en las márgenes del río debieron asentarse, atraídos por las aguas y la fertilidad de las tierras, pueblos nómadas buscando emplazamiento favorable. A la parte central del valle llegarían estos pueblos con algún retraso por la dificultad de penetración, pues mientras en la región que mira directamente al mar se han hallado restos desde el Musteriense hasta el Neolítico pasando por todo el Paleolítico superior, en los pueblos limítrofes a Bayarque que se han estudiado hay testimonios solamente neolíticos, como más antiguos.

Estos pueblos se instalaron en la orilla derecha del río, sobre la terraza superior. El nivel inferior ha aparecido, casualmente, como siempre, bastantes utensilios propios de la cultura romana, abundantes lucernas sobre todo, etc.

En la Edad Media este municipio estuvo ocupado, como es lógico, por musulmanes, y finalmente, por moriscos que fueron expulsados de aquí en 1572, y con este motivo se confeccionó el Apeo General de población, a partir del cual los datos son fidedignos.

En la época de los musulmanes Bayarque formaba parte de Tíjola la Vieja. La reconquista definitiva de toda esta región fue obra de los Reyes Católicos, que sometieron a los moros a su obediencia y concedieron en señorío las diferentes villas a personas destacadas en el reino. Bayarque pasó a ser villa del Marqués de Villena. El duque de Escalona debió ser el sucesor en el título de marqués de Villena, no por el apellido sino por el título de marqués de Villena y de Moya.

Por el poder o carta que Felipe II envió al licenciado Gonzalo de Melgar el 6 de Octubre de 1572, se concedía que pudieran venir a poblar cuantos quisieran, con tal que llegaran de fuera del reino de Granada. En total, fueron 44 las familias llegadas, sobre todo de los reinos de Valencia y Murcia, aunque completan la lista de procedencias algunos del resto de Andalucía y España.

Escudo

Escudo en color azur, plata y oro. Primero, en azur trae un menguante de plata sobre dos montañas gemelas, de sínople, terrasadas en color oro. Segundo en barras de plata trae ondas de azur.

Se timbra con corona real cerrada de oro engastado de piedras preciosas y compuesta de ocho florones de hojas de acanto, visibles cinco, interpolados de perlas y de cuyas salen sendas diademas sumadas de perlas que convergen en un mundo de azur, con el semimeridiano y el ecuador de oro, sumada de cruz de oro, forrada de gules.